Bueno empecemos por lo de la paginacion. Evidentemente vos duplicaste varias veces el archivo y pusiste que cargue diferentes foros.
Entonces en cada uno de esos archivos tenes que buscar estas dos lineas:
$context['start'] = isset($_REQUEST['adk_LtT']) ? !empty($_REQUEST['start']) ? (int)$_REQUEST['start'] : 0 : 0;
$context['page_index'] = constructPageIndex($scripturl . '?adk_LtT', $context['start'], $total, $num_recent);
Y modificar en ellas adk_Ltp por otra cosa, ejemplo adk_Ltp1, adk_Ltp2, etc....
La idea es que todos los archivos tengan diferente ese nombre.
Ahora con respecto a lo de cambiar el orden de la consulta, en todos los archivos tenes que buscar lo siguiente:
ORDER BY m.id_topic DESC LIMIT {int:uno}, {int:limit} ',
Y reemplazarlo con esto:
ORDER BY m.id_msg DESC LIMIT {int:uno}, {int:limit} ',
Espero que te sirva